Tribunal administratif de Besançon, 1ère Chambre, 23 septembre 2026, 2402443

Vu la procédure suivante

: Par une requête et un mémoire en réplique, enregistrés les 23 décembre 2024 et 1er octobre 2025, les associations « Ferus Ours.Loup.Lynx.Conservation », « Pôle grands prédateurs », Vigie Jura, Société française pour l'étude et la protection des mammifères (SFEPM), France nature environnement (FNE) Doubs et la Ligue pour la protection des oiseaux (LPO) de Bourgogne Franche-Comté, représentées par Me Bronzani, demandent au tribunal : 1°) d'annuler l'arrêté du 7 août 2024 par lequel le préfet du Doubs a autorisé le GAEC de l'Orgère à effectuer des tirs de défense simple afin de protéger son troupeau de bovins contre la prédation du loup sur la commune des Fourgs ; 2°) de mettre à la charge de l'Etat la somme de 3 000 euros au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. Les associations soutiennent que : - leur requête est recevable dès lors qu'elle a été introduite dans les délais et qu'elles justifient d'un intérêt à agir ; - l'arrêté méconnait l'article 6 de l'arrêté du 21 février 2024 faute d'une analyse technico-économique réalisée au cas par cas démontrant le caractère non-protégeable du troupeau et soumise pour avis au préfet coordonnateur du plan national d'action sur le loup ; - il est entaché d'une erreur d'appréciation dès lors que l'existence d'un risque de dommages importants au troupeau n'est pas établie au sens de l'alinéa 4° de l'article L. 411-2 du code l'environnement ; - il est entaché d'une erreur d'appréciation dès lors que le caractère non protégeable des troupeaux de bovins contre la prédation du loup au sens des articles 6 et 13 de l'arrêté du 21 février 2024 n'est pas établi et qu'il n'est donc pas démontré qu'il n'existe pas d'autre solution satisfaisante au sens de l'alinéa 4 de l'article L.411-2 du code de l'environnement ; - il est entaché d'un détournement de procédure dès lors que le préfet entend appliquer la dérogation prévue à l'article 30 de l'arrêté du 21 février 2024 à des communes qui sont classées dans le cercle 1 de prédation, ce qui est exclu par l'article 29 dudit arrêté ; - il méconnait l'alinéa 4° de l'article L.411-2 du code de l'environnement en ce qu'il ne permet pas d'assurer un état de conservation favorable du loup dans son aire de répartition naturelle. Par un mémoire en défense, enregistré le 11 août 2025, le préfet du Doubs conclut au rejet de la requête. Il soutient que les moyens soulevés par les associations requérantes ne sont pas fondés. Un mémoire en défense, enregistré le 17 octobre 2025 pour le préfet du Doubs, n'a pas été communiqué. Vu les autres pièces du dossier.

Vu :

- la directive 92/43/CEE du Conseil du 21 mai 1992 ; - le code de l'environnement ; - l'arrêté ministériel du 23 octobre 2020 fixant le nombre maximum de spécimens de loups (Canis lupus) dont la destruction pourra être autorisée chaque année ; - l'arrêté ministériel du 21 février 2024 fixant les conditions et limites dans lesquelles des dérogations aux interdictions de destruction peuvent être accordées par les préfets concernant le loup ; - le code de justice administrative. Les parties ont été régulièrement averties du jour de l'audience. Ont été entendus au cours de l'audience publique : - le rapport de M. Pernot, - les conclusions de Mme B..., - et les observations de M. A..., représentant le préfet du Doubs.

Considérant ce qui suit

: 1. Par un arrêté du 7 août 2024, le préfet du Doubs a autorisé le GAEC de l'Orgère à effectuer des tirs de défense simple afin d'assurer la protection de son troupeau contre la prédation du loup. Par la présente requête, les associations « Ferus Ours.Loup.Lynx.Conservation », « Pôle grands prédateurs », Vigie Jura, SFEPM, FNE Doubs et la LPO de Bourgogne Franche-Comté, demandent au tribunal d'annuler cet arrêté. Sur le cadre juridique : 2. Aux termes de l'article 12 de la directive 92/43/CEE du 21 mai 1992 concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages, dite directive « Habitats » : « 1. Les Etats membres prennent les mesures nécessaires pour instaurer un système de protection stricte des espèces animales figurant à l'annexe IV point a), dans leur aire de répartition naturelle, interdisant : a) toute forme de capture ou de mort intentionnelle de spécimens de ces espèces dans la nature ; b) la perturbation intentionnelle de ces espèces, notamment durant la période de reproduction et de dépendance (...) ». Le loup est au nombre des espèces figurant au point a) de cette annexe IV de la directive. L'article 16 de la même directive énonce toutefois que : « 1. A condition qu'il n'existe pas une autre solution satisfaisante et que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle, les Etats membres peuvent déroger aux dispositions des articles 12, 13, 14 et de l'article 15 points a) et b) : (...) b) pour prévenir des dommages importants notamment aux cultures, à l'élevage, aux forêts, aux pêcheries, aux eaux et à d'autres formes de propriété ». 3. Aux termes du I de l'article L. 411-1 du code de l'environnement, pris pour la transposition de la directive du 21 mai 1992 précitée : « Lorsqu'un intérêt scientifique particulier, le rôle essentiel dans l'écosystème ou les nécessités de la préservation du patrimoine naturel justifient la conservation (…) d'espèces animales non domestiques (…) et de leurs habitats, sont interdits : 1° (…) la mutilation, la destruction, la capture ou l'enlèvement, la perturbation intentionnelle, la naturalisation d'animaux de ces espèces (…) ». Aux termes de l'article L. 411-2 du même code, pris pour la transposition de l'article 16 de la même directive : « I. - Un décret en Conseil d'Etat détermine les conditions dans lesquelles sont fixées : 1° La liste limitative des habitats naturels, des espèces animales non domestiques (…) ainsi protégés ; 2° La durée et les modalités de mise en œuvre des interdictions prises en application du I de l'article L. 411-1 ; 3° La partie du territoire sur laquelle elles s'appliquent (…) ; 4° La délivrance de dérogations aux interdictions mentionnées aux 1°, 2° et 3° de l'article L. 411-1, à condition qu'il n'existe pas d'autre solution satisfaisante, pouvant être évaluée par une tierce expertise menée, à la demande de l'autorité compétente, par un organisme extérieur choisi en accord avec elle, aux frais du pétitionnaire, et que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle : (...) b) Pour prévenir des dommages importants notamment aux cultures, à l'élevage (…) et à d'autres formes de propriété ». 4. Pour l'application de ces dernières dispositions, l'article R. 411-1 du code de l'environnement prévoit que la liste des espèces animales non domestiques faisant l'objet des interdictions définies à l'article L. 411-1 est établie par arrêté conjoint du ministre chargé de la protection de la nature et du ministre chargé de l'agriculture. L'article R. 411-6 du même code précise que : « Les dérogations définies au 4° de l'article L. 411-2 sont accordées par le préfet, sauf dans les cas prévus aux articles R. 411-7 et R. 411-8. / (…) ». Le 2° de son article R. 411-13 prévoit que les ministres chargés de la protection de la nature et de l'agriculture fixent par arrêté conjoint, pris après avis du Conseil national de protection de la nature (CNPN), « (...) si nécessaire, pour certaines espèces dont l'aire de répartition excède le territoire d'un département, les conditions et limites dans lesquelles les dérogations sont accordées afin de garantir le respect des dispositions du 4° de l'article L. 411-2 du code de l'environnement ». 5. Sur le fondement de ces dispositions, l'arrêté du 21 février 2024 fixant les conditions et limites dans lesquelles des dérogations aux interdictions de destruction peuvent être accordées par les préfets concernant le loup (Canis lupus) précise les modalités selon lesquelles des dérogations aux interdictions de destruction de loups peuvent être accordées par les préfets en vue de la protection des troupeaux domestiques aux fins de prévenir et limiter les dommages occasionnés par les attaques de loup. Sur les conclusions à fin d'annulation : 6. Aux termes de l'article 6, alors en vigueur, de l'arrêté ministériel du 21 février 2024 fixant les conditions et limites dans lesquelles des dérogations aux interdictions de destruction peuvent être accordées par les préfets concernant le loup (Canis lupus) : « I. - Le préfet de département détermine les bénéficiaires auxquels des dérogations sont accordées (éleveurs exploitant à titre individuel ou sous forme sociétaire, groupements pastoraux, ou propriétaires publics ou privés d'une exploitation agricole d'élevage mettant en valeur des surfaces pâturées, présidents de société de chasse, responsables de battues aux grands gibiers). / II. - Le préfet de département met en place un suivi des dommages dus au loup sur les troupeaux d'animaux domestiques permettant d'évaluer l'importance et la récurrence des attaques sur les territoires, en fonction des caractéristiques et des mesures de protection des élevages d'animaux domestiques, des milieux naturels qu'ils exploitent ainsi que de la mise en œuvre des tirs autorisés en application du présent arrêté. / III. - On entend par « mise en œuvre » des mesures de protection, l'installation effective et proportionnée de moyens de prévention de la prédation par le loup dans le cadre de l'aide à la protection des exploitations et des troupeaux contre la prédation du loup et de l'ours, en application de l'arrêté du 30 décembre 2022 susvisé, ou de mesures jugées équivalentes par les directions départementales des territoires (DDT) et des territoires et de la mer (DDTM). / Sur la base d'une analyse technico-économique réalisée au cas par cas et soumise pour avis au préfet coordonnateur du plan national d'actions sur le loup, un ou plusieurs troupeaux ou une partie d'un troupeau peuvent être reconnus comme ne pouvant être protégés par le préfet de département. / IV. - On entend par « mise en œuvre » des tirs de défense simple ou de défense renforcée, la réalisation d'opérations consécutives à des attaques consignées dans le registre prévu à l'article 12 ». Aux termes de l'article 13, alors en vigueur, du même arrêté : « Les tirs de défense simple peuvent intervenir dès lors que des mesures de protection sont mises en œuvre ou que le troupeau est reconnu comme ne pouvant être protégé au sens du III de l'article 6 ». En vertu de ces dispositions, un ou plusieurs troupeaux ou une partie d'un troupeau peuvent être reconnus comme ne pouvant être protégés, par le préfet de département, sur la base d'une analyse technico-économique réalisée au cas par cas et soumise pour avis au préfet coordonnateur du plan national d'actions sur le loup. Cette analyse a notamment pour objet de déterminer si des mesures de protection sont susceptibles de constituer une alternative satisfaisante aux mesures de dérogation prévues par l'arrêté précité. 7. En l'espèce, pour accorder au GAEC de l'Orgère l'autorisation d'effectuer des tirs de défense simple en cas d'acte de prédation du loup, le préfet du Doubs s'est uniquement fondé sur le caractère non-protégeable du troupeau de cette exploitation au sens du III de l'article 6 de l'arrêté ministériel du 21 février 2024 précité. Toutefois, il ne ressort pas des pièces du dossier qu'une analyse technico-économique ait été réalisée préalablement à cette autorisation et soumise pour avis au préfet coordonnateur du plan national d'actions sur le loup, ainsi que le requièrent les dispositions précitées de l'arrêté ministériel du 21 février 2024 lorsque le troupeau est reconnu comme ne pouvant pas être protégé. Si le préfet se prévaut d'un rapport relatif à « la vulnérabilité des élevages bovins du secteur de la Petite montagne du Jura et du plateau supérieur du Jura du Doubs » réalisé en mars 2024 par la chambre d'agriculture du Doubs, ce document, établi à partir d'une approche globale d'une centaine d'exploitations, ne peut être regardé comme l'analyse technico-économique « au cas par cas » requise. Dès lors, les associations requérantes sont fondées à soutenir que l'arrêté attaqué est entaché d'un vice de procédure susceptible d'exercer, en l'espèce, une influence sur le sens de la décision. 8. Il résulte de ce qui précède, sans qu'il soit besoin de se prononcer sur les autres moyens de la requête, que les associations requérantes sont fondées à demander l'annulation de l'arrêté en litige. Sur les frais liés au litige : 9. Il y a lieu, dans les circonstances de l'espèce, de mettre à la charge de l'Etat le versement aux associations requérantes d'une somme de 40 euros au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative.

D E C I D E :

Article 1er : L'arrêté du 7 août 2024 du préfet du Doubs autorisant le GAEC de l'Orgère à effectuer des tirs de défense simple est annulé. Article 2 : L'Etat versera aux associations requérantes la somme de 40 euros sur le fondement des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. Article 3 : Le présent jugement sera notifié aux associations « Ferus Ours.Loup.Lynx.Conservation », « Pôle grands prédateurs », Vigie Jura, Société française pour l'étude et la protection des mammifères, France nature environnement Doubs, Ligue pour la protection des oiseaux de Bourgogne-Franche-Comté et à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature. Copie en sera adressée, pour information, au préfet du Doubs et au GAEC de l'Orgère. Délibéré après l'audience du 1er septembre 2026 à laquelle siégeaient : - M. Pernot, président ; - Mme Fessard-Marguerie, conseillère ; - M. Vitry, conseiller. Rendu public par mise à disposition au greffe le 23 septembre 2026. Le président rapporteur, A. Pernot L'assesseure la plus ancienne, A. Fessard-Marguerie La greffière, E. Cartier La République mande et ordonne à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature, en ce qui la concerne, ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun, contre les parties privées, de pourvoir à l'exécution de la présente décision. Pour expédition conforme, La greffière